Завоювання Оахаки було відносно мирним, оскільки володарі Сапотеків та Мікстеків думали, що знайдуть у європейців союзників, необхідних для перемоги над ацтеками.
З іншого боку, інші групи, такі як сапотеки Сьєрри, Чонтали і особливо Мікси, чинили опір і влаштовували низку повстань. Після свого тріумфу і все ще в 16 столітті, іспанці позбавили корінних жителів своїх земель, узаконивши цю дію за допомогою encomiendas, мерседесів та відділів, наданих королем, таким чином окресливши, з початку іспанського завоювання, дисбаланс і нерівність, яка панувала б між іспанським та корінним суспільством.
Зловживання колонізаторами були настільки великими, що значна частина робіт, проведених двома Аудіенсіями та віце-королем Антоніо де Мендосою, була спрямована на обмеження влади маркіза Вальє-де-Оахака, Ернана Кортеса та комендерос. Таким чином вони запропонували зміцнити королівську владу, і тому були оприлюднені Нові закони (1542 р.) І створено складне управління. Завданням євангелізації в районі Мікстеків та Сапотеків була робота домініканського ордену, який побудував, в основному корінними видами, розкішні церкви та монастирі в місцях, де були зосереджені великі населені пункти, такі як місто Антекера, Янхуїтіан та Куілапан. .
Духовне завоювання було більш радикальним і жорстоким, ніж військове. Щоб зберегти контроль над населенням, завойовники підтримували, з модифікаціями, певні корінні структури таким чином, що деяким начальникам долини Оахаки та Мікстеки Альта вдалося зберегти давні привілеї та властивості; Натомість, щоб навернути народи Америки до християнства, місіонери намагалися знищити будь-які сліди релігії доіспанського світу.
Незважаючи на демографічний спад корінного населення, спричинений епідеміями та жорстоким поводженням, 16 століття стало економічним зростанням завдяки впровадженню нових методів, сільськогосподарських культур та видів. Наприклад, у Mixteca хороший прибуток отримували від експлуатації шовкопрядів, великої рогатої худоби та пшениці. Цьому зростанню сприяв розвиток міського ринку та шахт.
Однак це процвітання було перервано проблемами, з якими гірничодобувна промисловість стикалася з 1590 року. Торгівля між Севільєю та Америкою зменшилася, а зменшення населення спричинило зменшення споживання міст, а кількість робочої сили зменшилась до мінімальних значень.
У XVII столітті економічна депресія була тоді, коли були визначені колоніальні структури, була закріплена схема панування та встановлені механізми залежної економіки. Застосування монопольної та централізованої комерційної схеми гальмувало регіональний економічний розвиток, змушуючи такі багаті райони, як Долина Оахака, спрямовувати свою економіку на самозабезпечення, незважаючи на важливість виробництва та торгівлі какао, індиго та кохінелем. .
Вже у другій половині XVII століття економіка Нової Іспанії почала вдосконалюватися: гірничодобувне виробництво пожвавилося, торгівля з Центральною Америкою та Перу знову була дозволена, а корінне населення почало відновлюватися. До цього часу іспанці, що жили в Мікстеці та в долині Оахаки, великими пропорціями присвятили себе вирощуванню великої рогатої худоби, і фазенди успішно поєднали виробництво пшениці та кукурудзи з вирощуванням худоби. Колоніальна економіка була реструктуризована між 1660 і 1692 роками, заклавши основи століття Просвітництва.
Нова Іспанія росте і процвітає в епоху Просвітництва. Територія подвоюється, чисельність населення потроюється, а вартість економічного виробництва в шість разів. Найкращий приклад цих досягнень спостерігається у видобутку корисних копалин, центральній економічній осі, яка, досі залишаючись поневоленою, перетворилася з 3 300 000 песо в 1670 році на 27 000 000 у 1804 році.
Багатство Нової Іспанії виявляється в інтенсивній будівельній діяльності та переповненнях пишноти бароко, саме тоді в Антекері вони збудували, серед іншого, каплицю Вервиці церкви Санто-Домінго, церкву св. Соледад, Сан-Агустін та Консолаціон.
18 століття було століттям модернізації політичних та економічних реформ, проведених королями Бурбонів.
До 1800 р. Мексика стала країною надзвичайного багатства, але також надзвичайної бідності, більшість населення була прив'язана до фазенд і комун, з ними жорстоко поводились на робочих місцях, поневоленими на шахтах і млинах, без свободи, без грошей. і без жодних шансів на вдосконалення.
Півостровні іспанці монополізували політичну та економічну владу; Такі умови соціальної, економічної та політичної нерівності накопичували напругу та невдоволення. З іншого боку, вплив таких подій, як Французька революція, незалежність США та Англійська промислова революція потрясає американське сумління, і ідея незалежності Нової Іспанії починає формуватися у креолів.
