Постійні вторгнення іспанського завойовника дона Нуньо Бельтрана де Гусмана до західних земель країни, щоб збільшити своє панування та владу над цими територіями, призвели до створення нової провінції під назвою Королівство Нова Галичина.
Регіон населяли різні корінні групи, які постійно спустошували поселення, які в ньому заснували іспанці. Лейтенант Нуньо де Гусмана, капітан Хуан Б. де Оньяте, отримав наказ умиротворити ці провінції та заснувати Віллу де Гвадалахара в місці, що називається Ночистлан, що він здійснив 5 січня 1532 р. З огляду на часті напади корінних жителів на місто йому довелося переїхати через рік до Тонали, а пізніше до Тлакотлана. Третя передача була здійснена для заселення міста в долині Атемажак, де місто було остаточно засноване 14 лютого 1542 року за присутності Крістобаля де Оньяте на посаді губернатора Нової Галичини та дона Антоніо де Мендоса, тоді віце-король Нової Іспанії, який призначив Мігеля де Ібарру мером і лейтенантом губернатора.
Місто швидко розвивалося і почало конкурувати з містом Компостели (сьогодні Тепік), де тоді були релігійні та громадянські сили, так що жителі Гвадалахари чинили такий тиск на владу Аудієнсії, що король Феліпе II вирішив видати Свідоцтво від 10 травня 1560 р., Щоб переїхати з Компостели до Гвадалахари, Собору, Королівського двору та чиновників Казначейства.
Міська структура була спланована відповідно до структури інших колоніальних міст, тому її макет був розроблений у формі шахової дошки від площі Сан-Фернандо. Пізніше квартали Мехікальцінго та Аналько були засновані Фрей Антоніо де Сеговія, а також околиці Мескітан, один з найдавніших. Будували також будинки ратуші, навпроти нинішнього храму Сан-Агустін та першої парафіяльної церкви, де знаходиться Палац справедливості.
Сьогодні у розкішному місті, багатому колоніальними будівлями, представлена велика кількість відповідних архітектурних прикладів, таких як його собор, який слід відвідати, збудований між 1561 і 1618 роками архітектором Мартіном Касільясом. Його стиль класифікують як початкове бароко. Його міцна конструкція височіє перед сьогоднішньою площею Гвадалахари з її цікавими вежами, які, хоча і не належать до оригінального стилю будівлі, в даний час визнані символом столиці Гвадалахари. Первісні вежі були зруйновані в 19 столітті землетрусом, саме тому були додані ті, що є сьогодні. Інтер’єр храму напівготичний за стилем, включаючи його склепіння, зроблені з мережива.
Іншими релігійними дільницями XVI століття є монастир Сан-Франциско, заснований у 1542 році біля річки, в районі Аналько, і майже повністю зруйнований в Реформації. Збережений його храм, відремонтований наприкінці 17 століття, з бароковим фасадом скромних соломонових ліній. Монастир Сан-Агустін був заснований в 1573 році за королівським указом Феліпе II і в даний час зберігає свій храм фасадом суворих ерерських ліній та інтер'єром з ребристими склепіннями.
Санта-Марія-де-Грасія, ще одна з конвентуальних основ, була зайнята монахинями-домініканками з Пуеблі, побудованою в 1590 році перед площею Сан-Агустін і оплаченою Ернаном Гомесом де ла Пенья. Будівля зайняла шість кварталів, хоча сьогодні зберігається лише його храм, з неокласичним фасадом другої половини 18 століття.
