Колонізація цих далеких земель була досягнута завдяки непохитній волі та невтомній праці групи місіонерів-єзуїтів, які, знаючи, що завойовники не змогли підкорити аборигенів, вирішили принести їм Євангеліє, досягнувши цим словом того, що що не було досягнуто за допомогою зброї.
Таким чином, наприкінці XVII століття під захопленою ініціативою єзуїта Евсебіо Кіно, який отримав від іспанської влади дозвіл розпочати експедицію адмірала Ісідро Атондо-і-Антільона, місіонери прибули на те, що тоді вважалося островом, проповідувати своїх неприборканих мешканців. Щоб дати дозвіл, Корона поставила умовою, що завоювання буде здійснено від імені короля Іспанії, а самі місіонери отримають ресурси для здійснення задуму.
Перша місія, Санта-Марія-де-Лорето, була заснована в 1697 році отцем Хосе Марією Сальват'єррою, який був у Тарахумарі і якого отець Кіно запропонував здійснити велику роботу. Санта-Марія-де-Лорето була більше ста років політичною, економічною та релігійною столицею Каліфорнії.
Протягом наступних трьох чвертей століття місіонери заснували ланцюжок з вісімнадцяти чудових фортець, пов’язаних так званою «королівською дорогою», яку вони самі побудували, пов’язуючи регіон Лос-Кабос на півдні півострова до нинішнього кордону з нашим сусід на півночі; Це стало можливим, оскільки серед місіонерів були капелани зі знаннями будівництва та гідротехніки.
Деякі з цих грізних споруд виживають у ідеальному стані, наприклад, будівля Сан-Ігнасіо, одна з найкрасивіших і найкраще збережених, побудована отцем Хуаном Баутістою Луяндо в 1728 році; будинок Сан-Франциско Хав'єр, заснований у 1699 році, який складався із скромної глиняної каплиці та будинку священика, побудованого Фрей Франциско Марією Пікколо; нинішня будівля була побудована в 1774 році отцем Мігелем Барко, і завдяки своїй прекрасній архітектурі вона вважалася "перлиною місій Нижньої Каліфорнії Сур"; Санта-Росалія-де-Мулеге, створена в 1705 році отцем Хуаном Марією Базальдуа, за 117 кілометрів на північ від Лорето, була однією з найкращих, оскільки вона була побудована в оазисі біля моря.
Місії поєднували красу архітектури та багатство оздоби з практичним середовищем, що дозволило створити навколо них постійні поселення. Місіонери не тільки благовістили аборигенів, але навчили їх робити плодину плодоносною фініковими пальмами; вони запровадили тваринництво та вирощування кукурудзи, пшениці та цукрового очерету; Їм вдалося змусити землю виробляти фруктові дерева, такі як авокадо та інжир, і, щоб дотримуватися релігійних обрядів, які вимагали вина та олії, вони отримали дозвіл на вирощування виноградної лози та оливкового дерева, що було заборонено в решті Нової Іспанія, і завдяки цьому сьогодні в регіоні виробляються чудові вина та оливкова олія. І якщо всього цього було недостатньо, вони також представили перші кущі троянд, які процвітали на цих землях і які сьогодні прикрашають парки та сади всього півострова.
