Народився в Комо, Італія, в 1702 році знатного походження. В Іспанії, куди він приїжджає, рятуючись від війни в Австрії, він отримує широкі повноваження стягувати пенсію з нащадків Моктесуми в Королівському Кахасі в Мексиці.
Він поїхав до Нової Іспанії в 1736 році. Протягом восьми років свого перебування він присвятив себе розслідуванням явищ Богородиці Гваделупської, зібравши значний графічний та піктографічний матеріал. Це сприяє увінченню образу Гвадалупана, що викликає недовіру до віцерегальних влад. Він потрапляє в полон, а його колекція позбавляється. Через кілька місяців, після депортації до Іспанії, він сідає на корабель, який потрапляє в руки піратів, які кидають його в Гібралтарі.
Великими творами він прибув до Іспанії і зв'язався з колекціонером Маріано Фернандесом де Ечеверіай Вейтією, який домігся виправдання, призначившись королівським літописцем Індії, позицію, яку Ботуріні відмовив, щоб присвятити себе написанню історії корінного населення. Хоча він ніколи не відновлює свою колекцію, він написав на ній Каталог Індійського музею. Його робота дуже оригінальна і добре задокументована. Він помер у Мадриді в невизначену дату, між 1750 і 1755 роками.
