Археологічні залишки Ікстепете, церемоніального центру поблизу міста Гвадалахара в муніципаліте Запопан, і нещодавні знахідки більше двадцяти шахтних гробниць у долині Атемаджак дозволяють зробити висновок, що в класичний період існували важливі заняття (200 До н.е.-650 н. Е.)
Незадовго до завоювання Долину здебільшого населяли групи кок і текуесів, що збиралися в невеликих селах, що залежали від домінації Тоналлан, які були подані без особливого опору Нуньо Бельтраном де Гусманом в 1530 році.
В кінці наступного року Гусман здійснив завоювання на північ, довіривши Хуану де Оньяте переправитися через яр річки Сантьяго і, наскільки це можливо, але з розсудливістю, знайшов іспанське населення, не викриваючись. Так 5 січня 1532 року в околицях Ночістлана, в сучасному Сакатекасі, була заснована Гвадалахара.
Умови, несприятливі для поселенців, спричинили перенесення цього міста до Тонали, але перебування там було недовгим і незабаром після того, як латиноамериканці оселилися поблизу Тлакотана, де вони пробули до 1541. Повстання буксирів, більш відоме як війна Мікстон, яка Він поставив іспанське правління в серйозну небезпеку, він дійшов до околиць Гвадалахари. З повстанням, розгромленим "вогнем і кров'ю" потужною армією на чолі з віце-королем Антоніо де Мендосою, місто досягло миру, але залишилось без праці корінних жителів, тому в пошуках цього вони вирішили переселити населення, знайшовши адекватну Валле-де-Атемажак, де остання і остаточна основа була створена 14 лютого 1542. Пізніше звістка підтвердилася, що майже за три роки до цього король надав їй статус міста та привілеї.
У 1546 р. Папа Павло III створив єпископство Нуева Галичина, а в 1548 р. Була створена однойменна Аудіенція; Спочатку штаб-квартира обох юрисдикцій знаходилась у місті Компостела, Тепік, доки в 1560 році не було наказано змінити її на Гвадалахару, що зробило її судовим головою величезної території, що тоді називалася Аудієнсія Гвадалахари, столиці Королівства Нуева Галичина і штаб-квартири єпископства. Оскільки кожне іспанське місто було намальовано як шахівниця з того, що було площею Сан-Фернандо, а також, як це було прийнято, корінні райони Мехікальцінго, Аналько та Мескітан залишились поза планом. Процес євангелізації розпочали францисканці, а потім августинці та єзуїти.
Поступово, з труднощами та невдачами, а також з успіхами, Гвадалахара росла і утвердилася як центр економіки та влади, настільки, що в середині 18 століття значна кількість заможних людей з Гвадалахари хотіла, щоб Нуева Галичина та Нуева Візкая інтегрували повністю іноземне віце-королівство. до Нової Іспанії - мета, не досягнута завдяки політико-адміністративним реформам 1786 р., які змінили територіальну структуру, розділивши всю віце-королівство на 12 муніципалітетів, одним з яких була Гвадалахара.
Під час колонії, особливо у 18 столітті, економічний підйом залишив архітектурну, культурну та мистецьку спадщину, свідчення якої досі залишаються по всьому місту.
Ефіри незалежності, що проходили по всій території нової Іспанії, проникли в Халіско, так що, коли в різних частинах муніципалітету почалася війна за незалежність, відбулися повстання.
26 листопада 1810 р. Дон Мігель Ідальго, командуючи великою армією, увійшов до Гвадалахари і був прийнятий Хосе Антоніо Торресом, який незадовго до того захопив місто. Тут Ідальго видав указ про скасування рабства, штампував папір та алкабали та спонсорував друк повстанської газети El Despertador Americano.
17 січня 1811 р. Повстанці зазнали поразки на мосту Кальдерон, і роялістські війська Калехи відновили Гвадалахару, прийнявши на себе командування Хосе де ла Крус, який разом з єпископом Кабаньясом знищив будь-яке спалах повстання.
Проголошена незалежність у 1821 році, вільна і суверенна держава Халіско була зведена, залишивши Гвадалахару столицею держави та місцем влад.
Нестабільність, яка панувала майже протягом усього ХІХ століття в країні, посилюючись вторгненнями іноземців, ускладнювала, але не заважала державі і особливо її столиці продовжувати розвиток у різних порядках. Матеріальними прикладами є: у другій чверті століття створення Інституту державних наук; будівництво Школи мистецтв та ремесел, Ботанічного саду, пенітенціарної установи та Віфлеємського пантеону, а також відкриття перших фабрик.
На початку вісімдесятих років з'явилися міські трамваї для тяги тварин, електричне світло було встановлено в 1884 році, в 1888 році прибула перша залізниця в Мексиці і мансанільо в 1909 році. У дев'яностих роках дон Маріано Барсена заснував Астрономічну обсерваторію і промисловий музей.
Під час революції в Гвадалахарі відбулися деякі акти повстання проти диктатури Діаса, такі як страйки робітників та протести студентів, і Мадеро навіть був прийнятий у 1909 та 1910 роках з великим вираженням співчуття. Однак воєнних подій наслідків не було. З іншого боку, столиця Гвадалахари зазнала свого роду стагнації, яка закінчилася в 1930 році, як тільки був погоджений мир, порушений війною Крістерос, що почало бажання модернізації, яке не закінчилося.
Див. Також Колоніальні міста: Гвадалахара, Халіско
